Olá Dilger,
"Tem como colocar ilha solta no kicad, sem que ela esteja em um componente?"
Exitem footprints (módulos) de apenas uma ilha, basta usá-los, depois
de colocar o componente no PCBNew você pode inclusive alterar todas
as características da ilha.
"Tem como imprimir em negativo?"
Sim, se não me engano, desde a 1a versão disponibilizada este ano
existe um checkbox no diálogo Plotar para este fim.
"Como associar uma ploter e para que porta o kicad envia o arquivo quando vc. manda plotar?"
Não sei como é no linux, mas, deve ser parecido, no Windows você
não manda imprimir/plotar em uma porta, você manda os dados para
o driver responsável pelo dispositivo, nas configurações do driver é onde
se especifica porta, etc. O Kicad também manda os dados para o driver
que você selecionar.