Primeira, entenda o que cada arquivo faz:
LPC210x.h - este arquivo contém somente os endereços dos registradores, é somente um facilitador, porque é mais fácil usar IOPIN do que decorar que o endereço dele é 0x400012BF (esse valor eu chutei, só de exemplo
crt.s - este é o programa de inicialização do teu chip. Ele faz bem poucas coisas, configura os ponteiros para interrupção, stack pointers, e mais algumas coisinhas. Ele é um arquivo em assembly.
main.c - ele não tem nada demais, provavelmente somente um include do LPC210x.h, além da função main (que é chamada no final do crt.s) e o teu programa.
makefile - esse script basicamente compila o crt.s, o main.c, e linka os dois. O formato dele é estranho porque ele é capaz de fazer um bocado de coisas, quando o projeto cresce bastante ele faz sentido.
demo2106_blink_flash_.cmd - esse é um arquivo bastante importante. Ele tem os endereços de início e fim das memórias (RAM e ROM) e é usado pelo linker para gerar o binário do teu firmware.
Então, respondendo à tua pergunta. Modificar o LPC210x.h ou criar um novo não faz muito sentido, mas se você quer realmente fazer tudo do zero, vai criar um .h com os nomes de todos os registradores que usar. Se você usar outro microcontrolador, pode ter que alterar ou adicionar registradores, conforme o caso.
O crt.s é importante conhecer, pelo mesmo caso do anterior, mas lembre-se que ele é em asm
O .cmd é de suma importância que você conheça BEM se mudar de modemo de micro.
De qualquer maneira, uma mão na roda é dar uma lido no livro de ARM do Fábio.
98% das vezes estou certo, e não estou nem aí pros outros 3%.