Olá Vicente,
Você não achou no mínimo estranho que você trocou o resistor por um outro com o dobro do valor e a corrente medida (conforme seu relato) foi a mesma? Um transdutor de 40kHz opera com pulsos 25us de duração (ou 12.5us Ton e 12.5us Toff se for uma onda quadrada). De onde está vindo então este pulso de 50ns? O que está acontecendo no seu circuito por acaso é similar ao que está na figura abaixo?

Se sim, o que você está vendo é o resultado da transição lógica brusca (edge) de 0 para 5V ou vice-versa. As resistências, capacitâncias e indutâncias parasitas provocam estas oscilações. Este efeito (conhecido em inglês como ringing) provoca o overshoot (picos de tensão positiva) e os undershoot (picos de tensão negativa) que estão se traduzindo nas correntes que você mencionou.
Em primeiro lugar, ringing é extremamente comum e vai estar normalmente presente em circuitos digitais de alta velocidade. É claro que se overshoot ou undershoot é muito elevado, ele pode acabar causando danos. Normalmente as portas lógicas possuem diodos schottky que protegem o pino contra transientes >VDD ou <0.
O próprio transdutor deve contribuir para o ringing (lembre-se de que um transdutor pode traduzir tensão em movimento mecânico como também traduzir o movimento mecânico em tensão), como você mesmo citou, ele parece se comportar como um capacitor.
Transdutores piezoelétricos (que imagino seja o que você está utilizando) drenam normalmente uma corrente muito baixa e poderiam (em tese) ser acionados diretamente pelo pino de I/O. Mas como os demais já citaram, é normalmente mais "saudável" utilizar um driver externo como um transistor ou MOSFET. Lembre-se de que normalmente os MOSFETs possuem diodos schottky internos que o protegem destes transientes de comutação, mas transistores bipolares normalmente não possuem qualquer proteção.
Vale lembrar que este efeito ringing é um dos grandes causadores de interferência EMI, já que trata-se de pulsos de frequência muito alta. É por isso que se tenta evitar (quase impossível) ou minimizar a sua ocorrência.
Alguns microcontroladores incluem funcionalidades de "current-drive" e "slew-rate control" que permitem selecionar diferentes capacidades de corrente de saída ou "taxas de subida", o que ajuda a minimizar bastante o ringing. Outra técnica utilizada é o resistor série (sim, aquele resistor de 1R que você está querendo retirar!).
Então para resumir, um resistor com valor mais elevado vai ajudar a minimizar o ringing e deve ser o suficiente no caso de transdutores piezoelétricos (desde que a corrente "ON" do transdutor seja menor que a corrente de saída do I/O (nesse caso a corrente típica de saída, o máximo absoluto, conforme citado, é um valor extremo). Para ter a consciência tranquila, um driver com um BC547 ou 2N7000 resolve o caso.
T+