Bom, eu gostaria de postar minha opinião.
Eu particularmente acho o atmega8 muito bom pra aprender, inclusive comecei com ele, por isso não posso dizer a respeito AT90S2313.
a)Não posso te ajudar muito em relação ao programador por USART, mas acredito que não precise configurar mais nada não.
Dá uma olhada nesse programador. Eu acho o máximo em questão de simplicidade:
Junto com ele uso o PonyProg:
http://www.lancos.com/prog.html
É um pouco complicado trabalhar com os fuse bits no Ponyprog, mas é muito bom depois que aprende(0 significa programado e 1 significa não programado xD);
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b)Nunca mexi com Codevision ><, uso o AVR Studio e programando em assembly;
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c)Eu acredito que não haja problema, contanto que não de overclock no coitado, não passe de 16Mhz ou 20Mhz no Atmega88(esse é ferradão ^^);
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d)Garante sim, e caso precise de um sinal mais forte na saída é só mandar brasa configurando o pino como saída, através do DDR(Direction Register);
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e)É;
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f)Bem provável que sim, em geral esses pinos alimentam regiões variadas dentro do uC.
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g)Sim, de acordo com o datasheet:
"ADC Voltage
Reference
The reference voltage for the ADC (VREF) indicates the conversion range for the ADC. Single
ended channels that exceed VREF will result in codes close to 0x3FF. VREF can be selected as
either AVCC, internal 2.56V reference, or external AREF pin.
AVCC is connected to the ADC through a passive switch. The internal 2.56V reference is generated
from the internal bandgap reference (VBG) through an internal amplifier. In either case, the
external AREF pin is directly connected to the ADC, and the reference voltage can be made
more immune to noise by connecting a capacitor between the AREF pin and ground. VREF can
also be measured at the AREF pin with a high impedant voltmeter. Note that VREF is a high
impedant source, and only a capacitive load should be connected in a system.
If the user has a fixed voltage source connected to the AREF pin, the user may not use the other
reference voltage options in the application, as they will be shorted to the external voltage. If no
external voltage is applied to the AREF pin, the user may switch between AVCC and 2.56V as
reference selection. The first ADC conversion result after switching reference voltage source
may be inaccurate, and the user is advised to discard this result."
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É isso aí, espero ter ajudado.
Falow!