Primeiro quero lhe agradecer por me ajudar ! Muito obrigado!
Respondendo a dica:
1- Já estou usando o AVR Dragon na porta traseira do micro.
2- Quando criei o projeto usei cristal de 4MHz e nas opções de clock tentei todos os valores e não mudou nada continua do mesmo jeito.
3- O AVR Dragon esta alimentado pela porta USB do micro e do conector de ISP vai para a placa que esta sem alimentação externa só pelo pino Vtg.
4- Beleza então em teoria teórica eu não matei o chip.
Acabei de desconectar o AVR Dragon da placa onde esta o ATMega a ser gravado e a leitura continua a mesma (00 00 00) estão não estou lendo a assinatura do chip como pensava

Instalei o AVR Studio 4 em um micro e o AVR Studio 6 em outro, no AVR Studio 4 eu consegui atualizar o firmware do AVR Dragon e ao ler a tensão do Vtg pela interface gráfica tem 4,2V quando conecto o AVR Dragon por ISP a placa com o ATMega a ser gravado essa tensão cai e varia de 0,3V a 1,0V na interface do AVR Studio.
Vou isolar o chip do resto do circuito para ver se essa tensão não caia.
Estranho no AVR Studio 6 ao tentar atualizar o firmware do AVR Dragon ele reclama da falta de uma dll "wdapi1011.dll" você já viu isso acontecer ?
Abraço