Sim é possível executar programas de onde você quiser, até mesmo da rede usando nfs ou outro sistema de arquivos.
Sobre badblocks de cartões SD eu uso SDCARD quem trata isso é o sistema de arquivos não o HW.
Você pode usar a formatação ext2/ext3/ext4 para formatar o SDCARD.
Eu não tenho certeza se a ferramente fsck.ext2 verifica os badblocks, mas tem esta ferramenta:
http://linux.die.net/man/8/badblocks ( Vou testar hoje )
Pior que badblocks na minha opinião:Uma coisa pior que acontece com SDCARD e outros tipos de memória é o desgaste por muitas gravações.
A especificação do SDCARD diz que ele tem que ter algorítimo de "wear levening" para evitar desgastes rápidos do setor.
Existem alguns sites que dizem que não é bom usar sistemas de arquivo que possuem algorítimo de "wear levening" com SDCARDs pois este algorítimo interfere no algorítimo interno, mas eu tenho minhas dúvidas, pois ainda não tive tempo de testar. Alguns sistemas que tem este algorítimo são: JFFS2 ou UBIFS e deve ter outros.
Sobre o desgastes, já aconteceu comigo:
Fiz um projeto onde eu coletava informações e salvava no cartão um arquivo de textos. ( FAT16 ou FAT32 )
Quando o sistema estava conectado ao PC, o PC ficava lendo o arquivo e depois de lido mandava apagar.
O sistema registrava mais de 1000 arquivos por dia
o cartão num durava nem uma semana.
Neste projeto eu não tinha como colocar outro tipo de formato por falta de tempo e processamento, então eu fiz o seguinte:
Eu fico gerando entradas no arquivo de texto, e só apago quanto ele tiver mais de 4MB. Com isso eu num apago o cartão toda hora, eu percebi que o maior problema era no setor 0, pois quando você apaga/grava novo arquivo ele mexe na tabela FAT que é fixa no começo dos setores do sdcard.
Para mim, isso foi uma prova de que o algorítimo interno de nivelamento do sdcard não é eficiente, eu ainda não tive tempo de colocar um cartão com um sistema de FS com "wear leveling" e testar, mas ainda vou fazer isso e postar aqui os resultados.
Obs. depois que o cartão dava pau, num dava pra ler ele nem no PC, nem tentar formatá-lo, nem no linux.
Fica a dica, pois se você pretende usar o SDCARD para ficar gravando/lendo toda hora, provavelmente você terá problemas usando somente o cartão e sistemas de arquivos comuns sem nenhum outro tipo de técnica para evitar desgaste.