Ola Senhores.
Alguns CI PSoC (a grande maioria) aceita tanto 5V. quanto 3,3V, é o caso do CY8C29xxx, CY8C27xxx, já outras famílias somente 3,3V CYWUSB6953 (que na verdade é um PRoC).
Para o caso do PSoC CY8C29xxx e similares, você define essa opção no começo do projeto.
Os periféricos do PSoC são rail to rail, ou seja trabalham com range de VSS a VDD, logo se optar por 3,3V seus pinos de I/O são 0 ou 3,3, se utilizar um AD será de 0 a 3,3v e assim por diante.
Tome cuidado pois a tolerância do PSoC é pequena, se alimentado com 5V a partir de 5,25 você queima o pino. (eu queimei um pino testando o AD assim). Se 4,75 ele reseta por PDR.
(Power Down Reset).
Você está certo 5V tolerance é um chip que trabalho com 3,3 ou outras tenções, mas sua saída é TTL compatível, ou seja trabalho com 5V (pelo que sei NÃO é o caso do PSoC, mas nunca testei).
Ricardo Franco