Testei o aplicativo do Chan no Win98 e também não rodou, a janela abre por alguns instantes e fecha em seguida.
Você está dando 2 cliques em cima do executável ? Não vai funcionar.
Precisa abrir uma janela tipo DOS no win32. Não é DOS e sim Win32 mas com linha de comando.
Abra no winXp em executar command
ou em executar se seu programa AVRPP estiver no diretório C:\, coloque em executar C:\avrpp <nome do programa.hex> para gravar o hex, sem os <>.
O programa não é gráfico e sim modo texto win32.
Faça o mesmo no win98. No xp só vai rodar com o giveio instalado.
Veja os comandos no arquivo avrx32_e.txt.
Teste por exemplo para ler os fuses->
Lá no executar coloque:
avrpp -rf
Para alterar os fuses low
avrpp -fl11100011
Para alterar os fuses hi
avrpp -fh11110000
Isto se você montou o programa em modo paralelo. Se for o ISP então avrsp em vez de avrpp