Tem esse circuito no manual da National, mas tenho quase certeza que não se aplica ao seu caso. Sua tensão de alimentação de 3V é um fator limitante. Outro fator limitante é que você deseja medir cerca de 100nA em um ramo elétrico, em que pode passar 44mA, ou seja 440 vezes mais corrente. Se no circuito estiver passando 44mA e você deseja medí-lo, devemos esperar (por exemplo) cerca de 5V na saída do medidor. Quando a corrente for baixa (100nA) a tensão na saída do medidor, que representa a corrente a ser monitorada, vai valer 5V / 440 = 11,4mV. Esse valor é pequeno para alguma precisão. Uma opção é deixar o circuito saturar quando a corrente de carga for maior e optar por uma tensão de 1V na saída do medidor, para cada 100nA na carga.
Seu caso exige, ou um instrumento comercial, ou um circuito um pouco mais elaborado. Talvez um LM324 com dois ou mais estágios e alguns componentes, além de um controle da tensão de offset dos operacionais.
Melhor ainda se você dispusesse, também, de uma tensão negativa. Aí o operacional poderia ser de melhor qualidade e sua medida teria maior precisão. Porém, mesmo assim, continuaria a limitação da saturação apresentada. A menos que você colocasse uma chave seletora de faixa de corrente. Nesse caso, essa limitação poderia ser contornada.
Como você informou que o circuito não é a prioridade no seu projeto, alguma coisa teria que ser descartada.
MOR_AL
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"Nunca discutas com pessoas estúpidas. Elas irão te arrastar ao nível delas e vencê-lo por possuir mais experiência em ser ignorante". Mark Twain