É, povo...
Fiz um ensaio com um lote de controle de 26 peças, e o resultado foi o seguinte: 23 OK, 3 pçs com atrasos de 2, 3 e 23 min. Nada animador

. Então, deixando a preguiça de lado e fazendo algumas medições com o osciloscópio (Instek digital, X10), pude verificar algumas coisas nas unidades defeituosas:
- A oscilação cessa qdo a ponta de prova é colocada no pino xt2, o que não acontece nas unidades ok;
- A troca do xtal resolve o problema ou
- A retirada da conexão de terra (U) sobre a carcaça do cristal faz com que a oscilação fique normal - é possível verificar a forma de onda (isso sim é importante e muito esquisito!!!

)
Parece, portanto, que o problema está por ai. Não me perguntem o porque, pois estamos falando de frequencias muito baixas (32KHz), onde o circuito oscilador não deveria estar tão sensível a essas situações. Deixa a sensação que o oscilador interno desse RTC não é muito bem resolvido. Preciso verificar se o processo de soldagem não estaria danificando o xtal, antes de tirar outras conclusões.
Em todas as unidades (ok e não ok) se percebe ruídos na alimentação (chega até 350mV), relacionados aos sinais de atividade do RTC. Não utilizar o capacitor de desacoplamento (como o Mauricio sugeriu) não resolveu o problema. Colocando-se um cap tântalo 1uF (recomendação do Kraft), pode-se dizer que a alimentação fica limpa. Esses ruidos são gerados a partir da característica não linear dos diodos em série com a alimentação do RTC (eles variam as características das junções em função da corrente). Isso não seria o determinante para os atrasos, mas num circuito que já está com o oscilador crítico, certamente colabora com mais instabilidades.
Vou continuar os ensaios com o cap tântalo, soldando manualmente o xtal e sem o "U" que conecta a carcaça do xtal no terra e depois posto os resultados.
Abços.